RNA-seq比对软件很多，本系列教程统一用hisat2。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，挑几个基因看看。
本系列已发表目录如下：
转录组入门(1)：测序数据下载转录组入门(2)：了解fastq测序数据
由于在第一节已经准备好了相应的软件，只需要再准备好相应的数据就行了。在HISAT2