白癜风方法 http://m.39.net/pf/a_4475491.html本科毕业毕业论文是气候变干变暖对某地区土壤线虫群落的影响。当时α多样性指数计算全是用EXCEL完成的，后面接着做气候变化对某地区微生物群落变化的影响，研究生刚开始又学了DPS(一款收费的很便捷的生态学数据统计分析工具)，但是需要收费。所以研二开始自学R(同学们为了支持正版和不花钱也要学习R啊)，微生物群落分析离不开要进行α-、β、γ多样性指数计算。β-多样性指数计算实际在“R绘图-RDA排序分析”一文里面有提到过，γ-多样性指数我不怎么用。这里就把当时用R计算α多样性指数的过程记录下来。
#1.设置工作目录及调用R包setwd("D:\\DiversityIndex")library(reshape2)library(vegan)#生态学专业的同学，真的很建议好好学一下vegan包#2.读入数据dir()getwd()Aspe=read.csv("Aspe.csv",header=TRUE,row.names=1,sep=",")Aspegroup=read.table("group.csv",header=TRUE,row.names=1,sep=",")图1物种组成表Aspe.图2分类变量表。NA读入R时会被当做缺失数据，数据表中最好不要有NA和NAN等。
#3.α-多样性指数计算##3.1Shannon.WienerindexA.shannon=diversity(Aspe,index="shannon")A.shannon##3.2SimpsonindexA.Simpson=diversity(Aspe,index="simpson")A.Simpson##3.3InverseSimpsonindexA.inv=diversity(Aspe,index="inv")A.inv##3.4SA.s=specnumber(Aspe)A.s##3.5PielouEvenessindexA.pie=A.shannon/log(A.s)A.pie##3.6合并多样性指数A.div=data.frame(A.shannon,A.Simpson,A.pie,A.s,A.inv)##3.7输出为表格形式write.table(A.div,file="16AOAdiv.xls",sep="\t")图3α-多样性指数输出结果文件。输出结果列名都向前移了一位，自己在EXCEL中插入一格进行。
#4.α-多样性计算结果计算均值和标准误##4.1分组求meanA.div.means-aggregate(A.div,by=list(group$treats),FUN=mean)rownames(A.div.means)=A.div.means[,1]#使用分组信息作为行名A.div.means=A.div.means[,-1]#删除第一列的分组信息##4.2分组求标准误(SE)A.div.SE-aggregate(A.div,by=list(group$treats),FUN=sd)#标准差rownames(A.div.SE)=A.div.SE[,1]#使用分组信息作为行名A.div.SE=A.div.SE[,-1]#删除第一列的分组信息A.div.SE-A.div.SE/sqrt(5)#标准误=标准差/开根号的样本量colnames(A.div.SE)-paste(colnames(A.div.means[2:6]),"SE",sep="")#标记标准误名称##4.3合并数据框A.mean.se=data.frame(A.div.means,A.div.SE)##4.4输出表格write.table(A.mean.se,file="16AOAdivmean.xls",sep="\t")图4均值和标准误计算结果。+NA用EXCEL打开会变成报错(#NAME)，双击查看就可以，命名不要用特殊符号开头。这里我忘记改了，大家自己命名的时候注意一下就行哈。至于，多元方差分析大家可以看推荐阅读。
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